Die Diagnostik infektionsbedingter Erkrankungen, die durch Bakterien, Viren, Pilze und Protozoen verursacht werden können, stützt sich auf Mikrobiologie und Infektionsserologie.
Neben obligat pathogenen kommen auch fakultativ pathogene Erreger vor, die erst bei Vorliegen bestimmter Voraussetzungen (z.B. Immunsuppression, Kachexie, Plasmidaufnahme, Erregerselektion) Krankheitserscheinungen bewirken. Im mikrobiologischen Labor wird mittels Mikroskopie oder Kultur eine große Anzahl von Erregern direkt bzw. über ihre Bestandteile (Antigene, Toxine) nachgewiesen und die Antibiotikaempfindlichkeit angezüchteter Bakterien bestimmt.